良好的自然通风，必要时应装备抽风机。接种、别离及判定细菌等操作应在生物安全柜中进行，对结核杆菌等传染性极强的微生物学查验时有必要在100 ％外临床微生物学试验室触摸多种有害微生物，为了避免穿插污染，维护作业人员健康，试验室应最少划分红3个区。
一、清洗区
包含单位、休息室、培育基制造室与试剂储藏室。此区域制止带人细菌查验标本。
二、操作区
（1）整齐:微生物操作区是各种病原菌相对会集的当地，为了减少粉尘活动，避免穿插污染，操作区应与外界分开。试验室作业人员进入操作区应换鞋，送标本人员不进入操作区，操作区地面用专用拖把天天拖1 次，每周用消毒剂擦拭1 次。天天早上作业前，用紫外线照耀30 min ，或天天作业后，用紫外线照耀60 min ，对整个操作区进行消毒；下午作业完毕后用消毒液消毒作业台面，以确保作业环境的安全清洗。
三、无菌区
（1）无菌室应完全关闭，进出无菌室最少要经两道门，中距离有缓冲间，无菌室与外间设置一个可开闭的窗口，用于传递器具。
（2）无菌室有必要坚持整齐。作业人员进入无菌室应换专用鞋、专用衣。无菌室运用前须用紫外线消毒30 min ，操作完毕后清洗台面，再用紫外线消毒30 min 。定时用乳酸或甲醛熏蒸，完全消毒。
（3）无菌室仅用于培育基分装等无菌操作，不能进行有菌标本的操作。操作人员操作时应严厉关门，并戴好专用的口罩、帽子。
（4）无菌室内应有空气过滤装置，并装置空调。